En el diseño de esta actuación, además de crear un espacio didáctico que represente la vegetación del sector biogeográfico correspondiente, se han establecido como objetivos obtener un Jardín Botánico lo más naturalizado posible y adaptado al terreno en el que se ubica; crear un área para satisfacer las necesidades recreativas; lograr un espacio sin barreras arquitectónicas; y dotarlo del equipamiento necesario. Para ello se han dispuesto unos 2,6 millones de euros para la ejecución de las obras, encargadas a la empresa pública Tragsa y cuyos trabajos previos ya han dado comienzo. A esto se une una inversión de 104.267 euros para la dotación del centro con plantas procedentes de la Red de Viveros y otros jardines botánicos de la Junta de Andalucía.
Los elementos principales con que contará este Jardín Botánico son la colección viva, que ocupará 26.145,62 metros cuadrados y dispondrá de más de 5.000 ejemplares vegetales; una zona de recepción e información con 151 metros cuadrados de superficie construida; un aula-taller; una red de casi 1.260 metros de senderos, de los que la mayoría están adaptados para incapacitados; y una pasarela peatonal de 11 metros que cruza el cauce natural existente.
El Jardín se integra en el Conjunto arqueológico de las Cuevas de Nerja, por lo que la entrada al recinto ha sido pensada para formar parte del recorrido lógico tras visitar este espacio, declarado Bien de Interés Cultural en 2006. Otros elementos incluidos en el proyecto son un edificio principal al que se accede desde un mirador integrado y que cuenta con zonas de servicio y zonas funcionales; una laguna de 241 metros cuadrados con vegetación y fauna representativa; una estructura con 8 metros de diámetro y cúpula geodésica sobre la que crecerán plantas trepadoras; una pantalla vegetal de aislamiento acústico; distintas zonas de descanso a lo largo del recorrido; mobiliario urbano; así como numerosos elementos de señalización e interpretación.
La Red de Jardines Botánicos en Espacios Naturales de la Consejería de Medio Ambiente comenzó su actividad en el año 2001 con la finalidad fundamental de conservar la flora amenazada, rara y endémica de Andalucía. Gracias a ellos, la Junta de Andalucía ha superado con creces uno de los objetivos de la Estrategia Global para la Conservación Vegetal, derivada del Convenio de Diversidad Biológica, el cual fijaba alcanzar el 60% de la representación de flora amenazada fuera de su hábitat natural antes de finalizar 2010. Así, de los 530 taxones considerados amenazados por la Ley de Flora y Fauna Silvestres y la Lista Roja de Flora Vascular de Andalucía hay representados en los jardines botánicos 341 taxones, el 64% del total.
Estos jardines se distribuyen por la comunidad andaluza según los sectores biogeográficos en que se divide el territorio y en la actualidad la Red está integrada por 10 jardines botánicos y uno micológico. Con el futuro Jardín Botánico de Nerja se completará una Red que represente la totalidad de la flora y vegetación del territorio andaluz. Además, la Red de Jardines Botánicos desarrolla su actividad mediante programas en tres campos de actuación: conservación e investigación, educación ambiental y uso público.
Andalucía es uno de los centros de biodiversidad vegetal más importantes de Europa. Las características ecogeográficas e históricas de esta región han propiciado que la comunidad albergue unos 4.000 taxones vegetales superiores entre especies y subespecies, lo que supone el 60% de la flora ibérica.
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