En los años 1990 la institución atraviesa una grave crisis deportiva que amenaza su existencia, con una serie de malos resultados que le obligan a pasar entre Tercera y las divisiones inferiores en varias ocasiones. Con una deuda superior a los siete millones de pesetas, en la temporada 1997/98 la AD Alcorcón finalizó colista en el grupo madrileño de Tercera y descendió a Regional Preferente.
Al término de la temporada 1997/98 llegó a la presidencia Esteban Márquez Ponce, empresario de Tomelloso (Ciudad Real) y dueño de la constructora Soncar. Márquez inició un proyecto para sanear las cuentas del equipo, y el equipo logró el ascenso a Tercera División. Aunque al año siguiente el objetivo era la permanencia en la categoría, el club consiguió resultados mejores de lo esperado y se clasificó para los play off por el ascenso al terminar quinto en el grupo madrileño. En el grupo de ascenso, logró subir a Segunda B al ponerse por delante del CD Lealtad, La Bañeza FC y Xove Lago. El debut del Alcorcón en Segunda B se produjo en la temporada 2000/01, y el equipo apostó por una plantilla de futbolistas procedentes de equipos madrileños. En su plan para solucionar la situación económica del club, la presidencia ofreció sueldos más modestos que los de otros clubes, pero procuró garantizar los pagos mensuales de las nóminas.[ Durante varios años el equipo terminó en las posiciones medias de la tabla, siendo su mejor puesto hasta entonces un séptimo lugar en la temporada 2005/06.
el alcorconazo y el ascenso
Con la economía del club ya saneada, la AD Alcorcón inició la temporada 2008/09 con Juan Antonio Albacete Anquela, procedente del Águilas CF, como entrenador. Anquela tuvo que contar con una plantilla formada por jugadores madrileños y descartes de otros clubes como el portero Raúl Arribas, Néstor Susaeta o Víctor Pérez entre otros. El equipo desempeña un buen estilo de juego que les permite firmar las posiciones altas de la clasificación, y en las últimas jornadas consigue meterse en los playoff de ascenso al finalizar en tercer lugar. La AD Alcorcón logró batir a la UE Sant Andreu por 0.0 y 4.2, y superó en la siguiente ronda al Alcoyano, por entonces favorito para el ascenso al finalizar primero en el Grupo III, por 1.0 y 2.1. Ya en la ronda final para ascender a Segunda División se enfrentó al Real Unión de Irún, con el que empató 0:0 en Santo Domingo y perdió 3:1 en el Stadium Gal irundarra.
Para la temporada 2009/10, la directiva de Alcorcón realiza múltiples cambios en el equipo y se refuerza con jugadores libres de otros clubes . En las primeras jornadas del campeonato el Alcorcón se consolida como candidato para el playoff de ascenso, y a falta de cuatro jornadas para el final de la temporada regular certifica el liderazgo. En la fase de ascenso eliminaría en la última ronda al Ontiyent. Sin embargo, Alcorcón se hizo muy popular por eliminar al Real Madrid en la Copa del Rey, al que endosó en casa un 4-0.
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