El primer congreso de la Sociedad Andaluza de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas (Samicei), celebrado recientemente en Málaga, ha premiado como mejor comunicación al trabajo 'El circuito de secuenciación genómica del SARS-COV-2 de Andalucía', liderado por investigadores de la Plataforma de Medicina Computacional de la Fundación Progreso y Salud y en el que también participan profesionales de la Universidad de Granada; los hospitales universitarios Virgen del Rocío de Sevilla y Clínico San Cecilio de Granada; la Consejería de Salud y Consumo y el Servicio Andaluz de Salud.
En la comunicación premiada se describe el circuito estable y coordinado con el que cuenta Andalucía desde los inicios de la pandemia por el Covid-19 para la secuenciación genómica de muestras de coronavirus, lo que ha permitido analizar, controlar y monitorizar en tiempo real las características del virus y su incidencia en la comunidad autónoma, se indica en nota de prensa.
Este circuito, "pionero" en España, también ha sido destacado en una publicación científica como una iniciativa eficaz en el abordaje, no solo de la pandemia, sino ante nuevas pandemias y alertas de salud pública en enfermedades infecciosas, como se ha demostrado en el reciente brote de virus de la viruela del mono, que se ha podido caracterizar rápidamente, con más de 300 muestras secuenciadas.
El circuito ha permitido identificar y analizar las muestras, tomadas directamente de los pacientes infectados, detectándose la presencia de las variantes más comunes (alfa, beta, beta, delta, ómicron, etcétera) y de 193 de sus linajes y sublinajes a lo largo de toda la pandemia, conteniendo así un registro epidemiológico extremadamente detallado que da cuenta del paso del virus por Andalucía. Desde que se puso en marcha el circuito se han secuenciado más de 30.000 muestras.
Esta iniciativa se enmarca en la integración de la secuenciación genómica del SARS- CoV-2 en las tareas de vigilancia realizadas por el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía. Se trata de una red colaborativa estructurada para conocer cómo se ha transmitido el coronavirus en Andalucía desde los inicios, cuáles han sido las zonas con un mayor índice de contagio y también cómo han influido las medidas sanitarias que se han ido implantado, entre otros aspectos.
Además, gracias a la secuenciación genómica, se puede realizar un estudio filogenético del virus, mostrando las mutaciones que experimenta a lo largo del tiempo, sus características y sus posibles relaciones con variantes de otros países o localidades, lo que facilita detectar las introducciones de virus y las cadenas de transmisión. Los resultados de la progresión de este trabajo están disponibles públicamente en la página web: https://www.clinbioinfosspa.es/COVID_circuit/
Dos hospitales de referencia han sido designados para la secuenciación de los genomas. En concreto, esta tarea se realiza en el Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Virgen del Rocío de Sevilla, donde se secuencian las muestras que proceden de centros hospitalarios y de Atención Primaria de la zona occidental de Andalucía (las provincias de Cádiz, Córdoba, Huelva y Sevilla); y el Servicio de Microbiología del Hospital Universitario Clínico San Cecilio de Granada, para las que proceden de la zona oriental (Almería, Granada, Jaén y Málaga).
La información obtenida se analiza en la Plataforma de Medicina Computacional (antigua Área de Bioinformática Clínica) de la Fundación Progreso y Salud, en donde se interpreta y se configura un mapa epidemiológico del virus, un trabajo impulsado por la Secretaría General de Salud Pública e I+D+i en Salud de la Consejería de Salud y Consumo.
Hasta llegar a estos centros de referencia, otros hospitales y centros de Atención Primaria son eslabones de la cadena que trabajan de forma coordinada con el Sistema de Vigilancia Epidemiológica de Andalucía, integrado por los profesionales de Salud Pública de los distritos y hospitales, Epidemiología de las Delegaciones Territoriales Provinciales y Servicio de Vigilancia y Salud Laboral.
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